五行学说用于说明疾病的病理变化，主要有两个方面：一是以五行的特性为依据的归类演绎，将自然界的四时(五时)六气(五气)与人体内的五脏建立天人相通应的联系，以说明自然环境的异常变化必然影响人体内的脏腑；二是以五行生克关系的失常说明疾病的传变规律及五脏病变的相互影响。 
1.阐释五脏病变的好发季节 
　　以五行特性为依据，将自然界的事物和现象和人体内的脏腑、形体、官窍分别归属于五行系统，则建立了四时六气与人体五脏的通应联系。五脏分主四时，外应四时的不同主气。如《素问?六节藏象论》说：“心者……为阳中之太阳，通于夏气；肺者……为阳中之太阴(少阴)，通于秋气；肾者……为阴中之少阴(太阴)，通于冬气；肝者……为阳(阴)中之少阳，通于春气；脾胃……此至阴之类，通于土气。”五脏之中，独有脾无所主之时。对此，《内经》有两种不同的解释：一是脾不独主于一时，而是分主四时，各十八日寄治。如《素问?太阴阳明论》说：“脾不主时何也?岐伯曰：脾者，土也，治中央，常以四时长四藏，各十八日寄治，不得独主于时也。”二是脾主长夏，即夏至之后、处暑之前的一段时间，俗称“夏秋之交”。因此时天气炎热多雨，气候潮湿，脾胃病多发，故长夏为脾所主之季节。 
　　五脏外与四时的气候变化相通应，各有所主之季节：肝王于春，心王于夏，脾王于长夏，肺王于秋，肾王于冬。五脏在其所主季节，因其当令，故易于受病邪的侵袭而发病。一般称为四时多发病：春多发肝病，夏多发心病，长夏多发脾病，秋多发肺病，冬多发肾病。如《素问?金匮真言论》说：“八风发邪，以为经风，触五脏，邪气发病。……东风生于春，病在肝，俞在颈项；南风生于夏，病在心，俞在胸胁；西风生于秋，病在肺，俞在肩背；北风生于冬，病在肾，俞在腰股；中央为土，病在脾，俞在脊。故春气者病在头，夏气者病在脏，秋气者病在肩背，冬气者病在四肢。故春善病鼽衄，仲夏善病胸胁，长夏善病洞泄寒中，秋善病风疟，冬善病痹厥。”如果不是当令之脏受邪气侵袭，也多传之于当令之脏而使其发病。如春季病邪侵袭肺脏，也当传之于当令之肝脏而发病。故《素问?咳论》说：“五脏各以其时受病，非其时则各传以与之。人与天地相参，故五藏各以治时，感于寒则受病，微则为咳，甚则为泄为痛。乘秋则肺先受邪，乘春则肝先受之，乘夏则心先受之，乘至阴则脾先受之，乘冬则肾先受之。” 
2.阐释五脏病变的相互影响 
　　五脏的功能因五行的生克关系而联结为一个有机整体，任何一脏的功能的正常发挥，必然受到其它四脏的或资助或制约的支撑。因而五脏之中的某一脏的功能失常，必然影响其它四脏而导致其发病。依据五行的生克规律，五脏之中的一脏有病，可以母子相及或乘侮的方式影响其它四脏。以肝为例：肝病影响到心，为母病及子；影响到肾，为子病及母；影响到脾，为乘；影响到肺，为侮。其余四脏以此类推。如《素问?玉机真藏论》说：“五藏受气于其所生，传之于其所胜，气舍于其所生，死于其所不胜。……肝受气于心(母病及子)，传之于脾(乘)，气舍于肾(子病及母)，至肺(传至所不胜，即侮)而死”
　　五脏病变的相互影响，以五行学说来说，一般有两种形式：一是相生关系的传变，即母子相及，包括母病及子和子病及母；二是相克关系的传变，即乘与侮。 
　 (1)肝病的传变肝为“五脏之贼”，肝病虚实，皆可以母子相及和乘侮的方式影响其它四脏。 
　　①母病及子：即肝病及心。主要有：肝血亏虚，不能滋养心血，导致心肝血虚；肝火亢盛，引动心火，导致心肝火旺。前者为虚，为“木不生火”；后者为实，为母盛致子实。两者皆属母病及子。 
　　②子病及母：即肝病及肾，主要有：肝火亢盛，下劫肾阴，导致肾阴亏而肝火亢，为子盛导致母虚，称为“子盗母气”；肝阴不足而肝阳偏亢，久病及肾，累及肾阴，导致肾阴也亏，“水不涵木”，肝阳上亢；肝血亏虚，不能充养肾精，导致肝肾精血亏虚，经闭或不孕；肝阳虚衰，不能温煦肝脉及胞宫，久之损及肾阳，导致肾阳亦衰，下焦虚寒，宫寒不孕。后三者当属“子不养母”，多为子母皆虚之证。 
　　③乘：即肝病乘脾。常见的有：肝气郁结或肝气上逆，乘脾犯胃，导致脾胃气机升降失常，引起肝气犯胃证或肝脾不和证。称为“木旺乘土”。若脾胃虚弱在先，肝气郁结或亢逆在后，则致“土虚木乘”的肝脾不和或肝胃不和证。 
　　④侮：即肝病侮肺。主要有：肝气郁结，久而化火，或肝气上逆，亢而化火。肝火上炎，左升太过，耗伤肺阴，右降不及，导致肝火犯肺证。称为“木火刑金”或“木亢侮金”。若肺阴亏虚在先，肝火上炎在后，则致“金虚木侮”的肺阴虚而肝火旺之证。 
　 (2)心病的传变心病虚证是血虚、气虚、阴虚、阳虚，心病实证为心火亢盛，皆可影响其它四脏。 
　　①母病及子：即心病及脾。常见有：心血亏虚，不能滋养脾胃，或心阳虚衰，不能温暖脾胃，脾胃不得心火之助，则运化水谷功能失常而见腹胀泄泻等症。一般称为“火不生土”。 
　　需要说明的是，自从明代命门学说兴起以来，医家皆强调命门相火对脾胃运化水谷的重要性，故将“火不生土”改释为“命门相火(或称肾阳)不能温暖脾土”。但这是以藏象理论来解释肾与脾的关系，不属五行学说“母病及子”的范畴。 
　　②子病及母：即心病及肝。常见有：心血亏虚，不能滋养肝血，导致心肝血虚，为“子不养母”的虚证；心火亢盛，引动肝火，导致心肝火旺，属“子能令母实”的实证。 
　　③乘：即心病乘肺。常见有：心火过亢，燔灼肺脏，耗伤肺阴，导致肺热壅盛，宣降失常，或致肺阴亏虚，肺气不降。称为“火盛乘金”。若先有肺阴不足，又被心火亢盛所灼，则为“金虚火乘”之证。 
　　④侮：即心病侮肾。主要是指：心火过亢，耗伤心阴，久之累及肾阴，导致肾阴不足。一般称为“火盛侮水”。若肾阴不足，不能制约心火而致心火偏亢，心火偏亢则又下耗肾阴，此为“水虚火侮”之“北方虚、南方实”之证。 
　  (3)脾病的传变脾居中焦，长养四脏，病有虚实，必以不同的方式影响“四傍”。 
　　①母病及子：即脾病及肺。常见的有：土能生金，脾病则不能为“生气之源”以输肺而合成宗气，故致肺气亦虚而成脾肺气虚证。一般称为“土不生金”。若脾气运化失职，痰饮水湿内生，痰饮蕴积于肺，影响肺气的宣发与肃降，导致呼吸不利，喘咳并作。故有“脾为生痰之源，肺为贮痰之器”之说。一般为实证或虚实夹杂证。 
　　②子病及母：即脾病及心。脾为血液生化之源，脾病则不能为化生血液提供充足的原料而致血液生化不足，心血不充。属“子不养母”的虚证。 
　　③乘：即脾病乘肾。在生理上，土能克水，可防肾水泛滥。但临床上脾气过亢(包括绝对亢盛或相对亢盛)的病理变化很少见，故也就不可能有因脾气亢导致肾水衰的“土乘水”的病变。 
　　④侮：即脾病侮肝。脾运湿，湿困脾，脾运化失常则生湿，湿盛则困遏脾气，不得枢转升举，并影响肝的疏泄升发功能而致肝气郁滞或发黄疸。一般称为“土壅木郁”，又称“土壅侮木”。 
　 (4)肺病的传变肺为脏之长，肺病则影响其它四脏。 
　　①母病及子：即肺病及肾。常见的“金不生水”病变有：肺输布津液以滋养肾精，肺之津液不足可致肾精亏虚；肺主宗气的生成和布散，宗气虚衰则不能培育元气而致其不充；肺肾之阴气可相互资生，肺阴不足，久之则致肾阴也亏虚；肺之阳气以肾阳为根，肺阳虚衰，久之必累及肾阳，导致肾阳亦虚衰。 
　　②子病及母：即肺病及脾。常见的是：肺病喘咳，久则伤气，肺气虚衰，可引致脾气不足。故喘咳病，久则健脾益气。 
　　③乘：即肺病乘肝。常见的是：肺病咳喘，病及胸胁，引致肝气不舒，胸胁牵引而痛；肺病悲忧，清肃太过，抑制肝气的升发舒展，故见情志抑郁太过，善太息。④侮：即肺病侮心。常见的是：肺病邪热壅盛，热盛则脉流薄疾，影响心脏的搏动，可致心悸气喘；肺病阳虚水饮内停，呼吸不利，影响心阳的温煦推动功能，可致心阳虚衰。 
   (5)肾病的传变肾为五脏阴阳之本。肾病必然以不同的形式影响其它四脏。 
　　①母病及子：即肾病及肝。常见的“水不生木”病变有：肝肾精血同源，肾精亏虚，不能滋养肝血，而致肝血也虚，导致肝肾精血亏虚之证；肾阴亏虚，不能滋养肝阴以共同制约肝阳，可致肝阳升浮无制而上亢，即所谓“水不涵木”；肾阳虚衰，不能资助肝阳以共同温暖肝脉及胞宫，可致肝脉寒滞，宫寒不孕。 
　　②子病及母：即肾病及肺。常见的病变有：肾精为五脏所藏精气之源泉，肾精亏虚，不能滋养肺之精津，可致肺肾精津亏虚，皮肤毛发不荣；肾阴为一身阴气之根本，肾阴亏虚，则不能滋养肺阴，导致肺肾阴气亏虚，虚热虚火内生；肾阳为一身阳气的根本，肾阳虚衰，则不能资助肺阳，导致肺肾阳气虚衰，虚寒内生，同时因阳虚水饮不化，导致痰饮水肿发生。 
　　③乘：即肾病乘心。常见的是：肾阴亏虚，不能制约肾阳而致相火上僭，继而耗伤心阴，引动心火，导致君相二火并炎，一般称为“水亏火旺”；肾阳虚衰，不能温化水液而致水饮内停，继而水饮上泛凌心，损伤心阳，导致心肾阳虚，虚寒内生，下肢浮肿，重者水漫全身，一般称为“水气凌心”或“水乘心”。若是心阳先衰，而引致水寒上凌者，当称为“火衰水乘”。 
　　④侮：即肾病侮脾。常见的是：肾阳虚衰，不能温化水液，肾水泛滥，影响到脾阳的运化水液功能，导致脾肾阳虚而水饮停聚，一般称为“水盛侮土”。若是因脾阳虚衰，不能运化水液，而致水饮停聚、肾水泛滥者，当称为“土虚水侮”。 
　　在运用“母子相及”和“乘侮”来阐释五脏病证的传变时，有几个问题需作以下说明。 
　　①五脏病变的母子相及和乘侮传变，其病证有虚有实。从上述的五脏病变的传变规律和形式可以看出，五脏病变的母子相及，既有母脏虚导致子脏亏者(所谓“母能令子虚”)，也有母脏盛导致子脏实者；既有子脏盛导致母脏实者(所谓“子能令母实”)，也有子脏虚导致母脏亏者(属“子不养母”)，还有子脏盛导致母脏虚者(所谓“子盗母气”)。五脏病变的乘侮，既有一脏亢盛导致其所胜或所不胜虚弱的乘或侮，又有一脏不足导致其所不胜或所胜相对偏盛的乘或侮。病变多属因盛致虚或因虚致实的虚实错杂证。临证时盛衰的孰前孰后，虚实的孰多孰少，当应明辨。 
　　②在阐释五脏病变的母子相及和乘侮传变时，应与精气、阴阳学说结合应用。在用“母子相及”来说明五脏病变的相互传变时，有时应与精气学说和阴阳学说的某些理论联合应用方能作出合理的解释。如“水不涵木”，在五行学说中是指肾虚不能养肝的病理变化。但这一解释只说明了肾与肝的相生关系失调，对临床治疗无多大指导意义。因为肾虚是一个笼统的概念，到底是肾精虚、肾气虚，还是肾阴虚、肾阳虚，并没有说清楚，因而治疗时也就难以处方遣药。因此，对“水不涵木”的病理变化，还必须结合阴阳学说的某些理论作一较明确的解释：肾在五行属水，其气内涵真阴、真阳；肝在五行属木，其气内寓肝阴、肝阳。肾阴与肾阳，肝阴与肝阳，都处于对立统一的状态，分别维系肾与肝本身的阴阳的协调平衡。若肾阴不足，一方面可导致肾本身的阴阳失调，另一方面则不能滋养肝阴，而致肝阴亦虚。阴虚则不能制约阳气，阳气浮越而肝阳上亢。治疗时应滋肾阴养肝阴以制约亢逆之肝阳，即所谓“滋水涵木”。另外，五行学说的“水生木”，不仅指肾阴滋养肝阴、肾精资助肝血，还应包括肾阳资助肝阳。若肾阳虚衰，必致肝阳亦亏，阳虚则不能温暖肝脉和胞宫，临床上可出现肝脉寒滞、宫寒不孕等证。可采用温肾阳升肝阳之法以治之。但这一般不能称为“水不涵木”，只可以说是“水不生木”的另一个方面。 
　　同样，在运用五行乘侮来阐释五脏病变的相互影响时，有时也要与阴阳学说的某些理论配合应用，才能作出较明确的解释。如对心火偏亢而肾阴不足的病变，一般称为“水火不济”或“心肾不交”，若用五行乘侮来解释，应是“火盛侮水”或“水亏火侮”。前者偏实，后者偏虚。但这难以说明心与肾之间关系失调的机理。若配合阴阳学说中的阴阳水火升降理论来阐释，则对心肾之间的正常的“相交”关系和失调的“不交”关系作出较明确的解释。心在五行属火，其气有阴阳之分，即分为心阴、心阳；肾在五行属水，其气也有阴阳之分，即分为肾阴、肾阳。肾阴在肾阳的鼓动下上济心阴，与心阴共同制约心阳，则使心火不亢(按五行说，为“水克火”)；心阳在心阴的牵掣下以下温肾阳，与肾阳共同制约肾阴，则使肾水不寒(但不能说成“火克水”)。如此则心肾相交，水火既济。若肾阴不足，不能上济心阴，则心阴不充，阴不制阳，心火偏亢，一般称之为“水不制火”(按五行说，为“水亏火侮”)；或先有心火偏亢，耗伤心阴，继而下耗肾阴而致肾阴不足，一般称之为“火盛耗阴”(按五行说，为“火侮水”)。如此则水火不济，心肾不交。 
　　③对母子相及和乘侮传变的轻重逆顺，应具体情况具体分析。对于母子相及传变的轻重，古代医家有母病及子为顺，病情轻，预后好；子病及母为逆，病情重，预后差的论述。如《难经经释》说：“邪挟生气而来，则虽进而易退”；“受我之气者，其力方旺，还而相克，来势必甚”。临床所见，某些母病及子的传变，其病势较缓，如土不生金的脾肺气虚、木不生火的心肝血虚等；但也有某些传变的病势是较急重的，如属“母盛引起子实”的肝火盛导致心火亢的心肝火旺证等。故临床上应具体情况具体分析，不可以五行相生次序的逆顺来区分病势的轻重，推测预后的良恶。 
　　对于乘侮传变的逆顺，《素问?玉机真藏论》认为：五脏之病，传其“所胜”之脏为顺传，传其“所不胜”之脏为逆传，即所谓“死于其所不胜”，“病之且死，必传行至其所不胜”。后世医家认为：按相乘传变的病邪为“贼邪”，病情一般较深重；按相侮传变的病邪为“微邪”，病情一般较轻浅。如《难经经释》说：“所不胜，克我者也。藏气本已相制。而邪气挟扶其气而来，残削必甚，故为贼邪”；“所胜，我所克也。藏气既受制于我，则邪气亦不能深入，故为微邪”。临床所见，按相乘规律传变的也有病情轻浅者，按相侮规律传变的也有病情深重者。如肝火犯肺的“木盛侮金”，虽属“微邪”但病情一般较深重；肺病忧悲，清肃太过，导致肝气抑郁的“金盛乘木”，虽属“贼邪”，但病情一般反较轻浅；而“土盛乘水”的所谓“贼邪”，临床上根本就没有见过，更不用说病情轻重了。因此，相乘与相侮传变都可引起轻重深浅不同的病证，都说明病情在发展，不能据此来判断病情的轻重和推测病证的预后。 
　　④五行的母子相及和乘侮传变，不能完全概括说明五脏病变的相互影响。五行的生克制化，实际上是用以说明五脏之间的生理联系的解释性模型；五行的生克关系失常的母子相及和乘侮，实际上是用于阐释五脏病变相互影响的一种解释性模型。限于五行本身的和历史的局限性，五行生克制化的解释性模型不可能完全说明五脏之间的各种生理联系，五行的母子相及和乘侮模型也不可能详尽地阐明五脏病变的相互传变规律。并且疾病的发生发展是复杂多变的，不可能完全按照此母子相及和乘侮的传变模式去发展变化，如《素问?玉机真藏论》就有“然其卒发者，不必治于传，或其传化有不以次”之论。因此，我们在临床应用五行学说来阐释疾病的病理变化时，一定要从病证的实际情况出发，不可拘泥于此母子相及和乘侮传变模式，而应发现和总结出新的能说明疾病传变规律的模式。如张机发现的伤寒病的六经传变规律，叶桂创立的温热病的卫气营血传变规律等，都是在临床实践中总结出来的某类具体疾病的传变规律。